1、消毒需要时间
一般情况下，高温消毒时，60℃就可以将多数病原杀灭，但汽油喷灯温度达几百度，喷灯火焰一扫而过，也不会杀灭病原，因时间太短。蒸煮消毒：在水开后30分钟却可以将病原杀死。紫外线照射：必须达到5分钟以上。
注意：这里说的时间，不单纯是消毒所用的时间，更重要的是病原体与消毒药接触的有效时间。因为病原体往往附着于其他物质上面或中间，消毒药与病原接触需要先渗透，而渗透则需要时间，有时时间会很长。这个我们可以把一块干粪便放到水中，看一下多长时间能够浸透。
2、消毒需要药物与病原接触
在产房消毒不会把保育舍的病原杀死，同样在产房，消毒药喷不到的地方的病原也不会被杀死，消毒育肥舍地面时，如果地面有很厚的一层粪，消毒药只能将最上面的病原杀死，而在粪便深层的病原却不会被杀死，因为消毒药还没有与病原接触。所以我们要求猪舍消毒前要先将猪舍清理冲洗干净，就是为了减轻其他因素的影响。
3、消毒需要足够的剂量
消毒药在杀灭病原的同时往往自身也被破坏，一个消毒药分子可能只能杀死一个病原，如果一个消毒药分子遇到五个病原，再好的消毒药也不会效果好。关于消毒药的用量，一般是每平方米面积用1升药液。生产上常见到的则是不经计算，只是在消毒药将舍内全部喷湿即可，人走后地面马上干燥，这样的消毒效果是很差的，因为消毒药无法与掩盖在深层的病原接触。
4、消毒需要没有干扰
许多消毒药遇到有机物会失效，如果使用这些消毒药放在消毒池中，池中再放一些锯末，作为鞋底消毒的手段，效果就不会好了。
5、消毒需要药物对病原敏感
不是每一种消毒药对所有病原都有效，而是有针对性的，所以使用消毒药时也是有目标的。如预防口蹄疫时，碘制剂效果较好，而预防感冒时，过氧乙酸可能是首选，而预防传染性胃肠炎时，高温和紫外线可能更实用。
注意：没有任何一种消毒药可以杀灭所有的病原，即使我们认为最可靠的高温消毒，也还有耐高温细菌不被破坏。这就要求我们使用消毒药时，应经常更换，这样才能起到最理想的效果。
6、消毒需要条件
如火碱是好的消毒药，但如果把病原放在干燥的火碱上面，病原也不会死亡，只有火碱溶于水后变成火碱水才有消毒作用，生石灰也是同样道理。福尔马林熏蒸消毒必须符合3个条件：一是足够的时间，24小时以上，需要严密封闭;二是需要温度，必须达到15℃以上;三是必须足够的湿度，最好在85%以上。如果脱离了消毒所需的条件，效果就不会理想。一个猪场对进场人员的衣物进行熏蒸消毒，专门制作了一个消毒柜，但由于开始设计不理想，消毒柜太大，无法进入屋内，就放在了舍外。夏秋季节消毒没什么问题，但到了冬天，他们仍然在舍外熏蒸消毒，这样的效果是很差的。还有的在入舍消毒池中，只是例行把水和火碱放进去，也不搅拌，火碱靠自身溶解需要较长时间，那刚放好的消毒水的作用就不确实了。
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